故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在(zài )那里(🗼)有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空(🗑)间(jiān )。人们都在那(nà )(🖍)个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出(chū )现了利用决斗(🙌)来进行黑(🙄)客行为的谜之黑客集团「海诺因(👃)骑士团」。而他们的目标是(🤳)将存在于互联(🚴)网的某处的(de )“AI们的世界=电(🏉)子界”毁灭。
　　然而在世界受到这样的威胁时，有(💯)一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇的(de )战斗中，「Playmaker」使用压倒(🔪)性的决斗将「海诺(🤼)因骑士团」打倒(😉)，成功捕获(🏸)了「SOL技术社」和「海诺因骑士团(tuán )」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然(rán )后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中(zhōng )一瞬间(⏭)变得声名远播，成为(wéi )了传说。
　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的(de )某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出(🐊)现的「海诺(❣)因骑(qí )士团」展开(kāi )了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……
　　(🎁)迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的(✒)目的(de )，以(👆)及隐藏在游作过去的真(🏃)相(xiàng )到底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中