故事的舞台是(shì )互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术(shù )构筑而成的(de )被称(chēng )为「LINK VRAINS」的VR空(kōng )间。人们都在那个VR空间中(😱)为体验到全新的决斗而狂热。可是(shì )在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客(㊙)行为的谜之黑(🎾)客集团「海(hǎi )诺因骑士团」。而他们的目标是(🤳)将存在于互联网(🧣)的某处(chù )的“AI们的世界(💹)=电子界”毁灭。
　　然而在世界受到这样的(de )威胁时，有一名决斗者站(🎥)了(le )出来。而他的名字正是(shì )「Playmaker」。
　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用(🚻)压倒性(🐂)的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技(🔮)术社」和「海诺因骑士团」都(🖱)想要得手的(⛅)迷之AI程序。一(🍾)度拯救了世界，然后却突然消声(🌒)匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬(shùn )间变得声名远播，成为了传说。
　　而现在，作为(wéi )「Playmaker」的正体(⏩)的某位高中(📛)生藤木(mù )游(yóu )作，为了寻(💘)找过去发生的某件(jiàn )事件的真相，对再次在(🛒)「VRAINS」出(chū )现的「海诺(❣)因骑士团(tuán )」展开了追击......  以此为契机，命运的齿(chǐ )轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「海诺因(🐁)骑士团」盯上「Link Vrains」的(✒)目的，以及(jí )隐藏在游作过去的真相到底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中