故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过(guò )高度的(⚫)网络技术构筑而(ér )成的被称为(wéi )「LINK VRAINS」的VR空间。人(rén )们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了(🔝)利(lì )用决斗来进行黑客行为(wéi )的(🙉)谜之黑客集团「海诺(🤷)因骑(🧤)士团」。而他们的目标(🏯)是将存在于互(🧟)联网的某处的“AI们(🈁)的世界(jiè )=电子界”毁灭。
　　然而在世界(🥋)受到这样的威胁时，有(yǒu )一名决斗者(💿)站了出来。而他的(🤥)名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇(🔫)的战斗(🚡)中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功(gōng )捕获了「SOL技术(shù )社」和「海诺因骑士团」(🐱)都(dōu )想要得手的迷之(✒)AI程序。一(yī )度(dù )拯救了世界(♊)，然后(hòu )却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的(de )世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。
　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去(📒)发生的某件事件的真(🙇)相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士(shì )团(🤬)」展开了追击......  以此为契机，命运(yùn )的齿轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目(mù )的，以(👆)及隐藏在游作过去的真(🏃)相到(dào )底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中