故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在(🔬)那里有经由(yóu )巨型企业「SOL技术社」(♑)通过高度的网(wǎng )络技术构筑(🤷)而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体(tǐ )验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行(háng )黑客行为的谜之黑客(⏰)集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的(🤖)某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
　　然而在世界(jiè )受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇(qí )的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒(😉)，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因(💕)骑士团」都想要得手的(⛅)迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声(shēng )匿迹(🎆)了，而他(🐸)的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。
　　而(🎆)现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木(🏺)游作，为了寻找过去发(🤫)生的某件事件的真(zhēn )相(xiàng )，对再次在「VRAINS」出(chū )现的「海诺因骑士团」展(👉)开了追击......  以此(🍩)为契(📩)机(Ⓜ)，命运的齿(🐣)轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「(🚰)海诺因骑(qí )士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作(🍄)过去的真相到底是———
　　所有(yǒu )的(🤮)答案，都在「Link Vrains」中(zhōng )