自西(🕕)元20XX年，人类(lèi )从肯(📒)亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进(jìn )行研(yán )究(❣)，后来有人(rén )重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启(🏐)动原始索哈尔，进行和上位领域(😻)的U-DO(上(shàng )(🤯)位领域当中的(⏺)红色波动存在)连(🌚)结的连结实验，但很(💱)不幸地，从上位领域流入下位领域的(de )能量造成了事象变移(💪)，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人(rén )类(🤘)因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多(duō )后，在故事开始前十五的T.C.4753年(🎥)，米(🈺)尔(🤔)奇亚行星(Miltia)爆发(♌)了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中(🔥)，米(🌸)尔奇亚行星的人类疑似遭(👗)到了格诺西斯(Gnosis)的攻(gōng )击，并在冲突事件后消失，但事件的真(🈳)相却因为米尔(💕)奇亚的消失而不为人知。在事(💨)件后，启动原始索哈尔（后来人类(lèi )制造出了十二具索哈尔模拟体，因此(cǐ )原有的索哈尔就被称之为(😄)原始(shǐ )索哈尔）所(suǒ )需的神之语言、原始索哈尔的研究成果(🍂)、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被(bèi )封存在Y资料当中，而Y资料又(🎛)被封存在百式观(😯)测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起(🛍)了各方(🔘)势力对M.O.M.O.的争夺，因此星(xīng )团联邦政府(游戏中统治各(gè )行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以(yǐ )保护(hù )M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也(yě )就(jiù )是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进(jìn )行对格诺西斯用战斗(dòu )兵器KOS-MOS的开发(🥗)计(jì )划，但和当(🎴)时多使用合成人(Relian)与(yǔ )生化人(Cyborg)的情况所不同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另(lìng )一方(fāng )面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发(fā )计划的贝克达公司第一开发局(👺)研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还(🈶)没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著(zhe )索哈尔而(👫)来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突(🏳)然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……