自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后(🏇)来(lái )有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立(💆)电脑(🔲)程式以启动原始索哈尔，进行和上位领(🙁)域的U-DO(上位领域当中的红色波(bō )动存在)连结的连结(jié )实验，但(dàn )很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失(🤲)落(🕙)耶路撒冷”)几乎完从从(🐀)宇宙中“消失”，人类因而被(bèi )迫逃亡，离(🍑)开地球。　　到了(🈸)四(➡)千年多后，在故事开始前十(🌼)五(wǔ )的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在(zài )此次事件当(💣)中，米尔奇(qí )亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因(yīn )为米尔奇(🈂)亚的消失而不为人(🐅)知。在事件后，启动原始索哈尔（(♊)后来人类制造出了十二具索哈尔模(🍈)拟(nǐ )体，因(yīn )此原有的索哈(🏁)尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始(shǐ )索哈(🎇)尔的研究成果、米尔(📳)奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存(🏺)在Y资料当(🤙)中，而Y资(zī )料又被封存在百(🔭)式观(guān )测用合(hé )成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争(☔)夺(📧)，因此(cǐ )星团联邦政府(游戏(xì )中统治各行星的政府，英文名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(shēng )(🏃)化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时(shí )最大的(de )企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格(gé )诺西斯(🦇)用战斗兵器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一(yī )方面(miàn )，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划(huá )的贝克达(📃)公司第一开发局(👺)研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还(hái )没正式启动(🚒)的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲(chōng )著索哈尔而来的格(gé )诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突(tū )(🏳)然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西(xī )斯及索哈(hā )尔有关的(☔)阴谋，以及会改变人类命(mìng )运的事件当中……