自西元20XX年，人类(lèi )从肯亚图(tú )尔(🍩)卡纳湖的湖畔挖出了一(yī )个名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的物体(🗼)之后，便开始对它进行(háng )研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索(suǒ )哈尔，进行和(hé )上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存(cún )在)连结的连结实验，但很不幸地(dì )，从(㊗)上位(wèi )领域流入下位领域的能量造成了(le )事象变移，使地球(游戏中所谓的“失(🤲)落耶路撒冷”)几乎完从从(🐀)宇宙中“消(⚾)失”，人类因而被(💝)迫逃亡，离开地(dì )球。　　到了四千年(nián )多后(⛏)，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所(🥅)谓(wèi )的米尔(ěr )奇亚冲突(🔎)事件，在此次事(🖍)件当中，米尔奇亚行星的人类疑(🕕)似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但(⏺)事件的真相(🐈)却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后(👆)来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的(de )U.M.N.座标(⏩)等事物，都被封存(🏺)在Y资(🍏)料(liào )当中，而Y资(zī )料又被封存在(zài )百式观(guān )测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力(lì )对M.O.M.O.的争夺，因此(🚄)星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫(jiào )Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突(tū )事件结束后(🦋)的十几年，也就是大约在(zài )游戏EPI开始的时候，当时(🈶)最大的企业(yè )贝克达公司(sī )以对抗格诺西斯侵扰的(de )(🤥)名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使(🏟)用(yòng )(🍚)合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝(bèi )克达公司第一开(kāi )发局研究人员卯月紫苑，正乘(chéng )着(📿)当时载有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船(👯)进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯月紫苑因(yīn )而被卷(💝)入一连(✝)串和格(gé )诺西斯及索哈尔有关(⏺)的阴谋，以及会改变人(rén )类(🐬)命运的事件当中……