自西元20XX年，人类从肯亚(🏽)图尔卡纳湖的湖(😘)畔挖出了一个名(míng )叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出(chū )来所谓(🔸)的“神之语言”，并建立电脑程式(🛹)以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中(💞)的红色波动存在)连结的连结实验，但(dàn )很不幸地，从上位领域流入(📙)下位领(lǐng )域的(de )能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶(⛳)路(lù )撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后(⛏)，在故事(🤷)开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在(👄)此次事件当中，米尔奇(qí )亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事件后消失，但事件的(👅)真相(🐈)却(què )因为米尔奇亚的消失而(💛)不为人知。在事件后(🙅)，启动(🍾)原始索哈尔（后来人类制造出了十二具(jù )索哈尔模(🍈)拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）(👡)所需(xū )的神之语言、原始索哈尔的(🌶)研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物(wù )，都被(bèi )封存在Y资料当中，而Y资(🤫)料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然而这么做却引起了各方(fāng )势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文(wén )名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保(bǎo )护M.O.M.O.的安全。　　另(🥖)一方面，在米(🕎)尔奇(🔷)亚冲突事件结(🚌)束后的十几年，也就是大约在(zài )游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的(de )名义，进行对格诺西斯用战斗兵(bīng )器(qì )(🐆)KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用(🍚)合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达公司第一开发局(jú )研究人员卯月紫苑，正乘着(zhe )当时载有还(🈶)没正式启动(🚒)的(de )KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没(méi )想到其太空(📛)船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯月紫苑因而被卷(juàn )入一连(✝)串和格诺(㊙)西斯(sī )及索哈(hā )尔有关的阴谋(móu )，以及会改变人类(🐬)命(mìng )运的事件当中……