继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗(🥈)政府高层(céng )，以潜(qián )入(rù )一个“作为一(🌫)个(gè )普通FBI特别(bié )探员不该进(⚫)入的地方”搜集需要的资料。本(běn )季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血(🚸)外星人联合起来抵抗殖(🔊)民阴(yīn )谋。史考莉被绑架时子(🚨)宫被移除，但今年却出现了她(tā )的孩子(zǐ )——艾(🔝)蜜莉。今年制作小组(㊙)甚至找了两位知名科(kē )幻(⛏)小说家操笔，客串写出两集剧(jù )本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上(shàng )映，加入了(😊)一些角色及内(nèi )容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接(🔍)近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉(lì )间的关系做出重大(💣)考验。该季结(🏓)束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。