继续(🕕)延续上一季的(de )剧情，原来穆德受了骗(🌰)，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗(🥈)政府高层，以潜(qián )入一个“作为一(yī )个普通FBI特别探员(yuán )不该进入的(de )地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一(🛺)些没有被完全改造的混血外星人联合起来(lái )抵抗殖民阴(⏺)谋。史考莉被绑架时(shí )子宫被移除，但今年却出现了她的孩(💻)子——艾蜜莉。今年制作小(xiǎo )组甚至找了两位知名科幻小说家操(cāo )笔，客(🤲)串写出(😍)两集剧本。另(lìng )外今年(🐀)也有一集(🤖)喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明(míng )(🏒)显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史(shǐ )考(kǎo )莉间的关系做出(🖍)重大考验。该季结束于(🎐)吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。