继续延续上一季的剧情，原来(📒)穆德受了骗，及时发觉错(🛍)误后和史考莉(🎺)串通好来骗(🥈)政府高层，以潜入一个“作为一个(👋)普通FBI特别探(tàn )员不该进入的地方(👑)”搜集需要的资料(liào )。本季发展越来越(🏐)精彩，一些没有被完全改(gǎi )造的混血外(wài )星人联合起来抵抗(kàng )殖民阴谋。史考莉(lì )(🚣)被绑(bǎng )架时子宫被移除，但(dàn )今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找(🙉)了两位知名科幻小说家(👃)操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影(yǐng )的上映，加入了一些角色(🐛)及内容(róng )，“辛迪加”组织的阴谋越来(lái )越明显，穆德再一次接近事(shì )实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉(🌂)间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁(huǐ )了(👗)所有X档案卷宗。