继续延续(✒)上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时(shí )发觉(jiào )(🤴)错误后和史考莉串通好来骗政(zhèng )府高层，以潜入一个“作为一个(gè )普通FBI特别探员不该(gāi )进(🎩)入的地方”搜集需要的资料。本(běn )季(🏐)发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖(zhí )民阴谋。史考莉被绑架时子宫被(bèi )移除，但今(jīn )(㊗)年却出现了(le )她(📙)的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了(le )两位知名科幻小说家(🕙)操笔，客串写(🏯)出两集剧本。另外今年也有一集喜剧(🈁)。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角(👪)色及(🤷)内容，“辛迪(dí )加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对(duì )穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季(🔲)结束(🕕)于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。